非法改装车辆的处罚程序主要包括以下几个步骤：
发现与扣留
公安交管部门在日常巡查或接到举报后，发现非法改装车辆。
扣留车辆，收缴非法装置，并责令驾驶员恢复车辆原状。
罚款
根据《道路交通安全法》及相关条例，对非法改装行为进行罚款。
罚款金额根据违法情况不同而有所不同，一般情况下为200元至2000元不等。
记分
驾驶非法改装的机动车上道路行驶的，除罚款外，还可能面临记分处罚，一般为6分。
吊销驾驶证
情节严重的，可以吊销机动车驾驶证，且五年内不得重新取得。
刑事责任
如果非法改装行为构成犯罪，将依法追究刑事责任。
其他行政处罚
对于擅自改装、拼装机动车的维修厂家，责令改正，有违法所得的没收违法所得。
没有违法所得或者违法所得不足1万元的，处2万元以上5万元以下罚款，没收零部件和作业工具，情节严重的，吊销营业执照。
停驶整改
如果车辆的改装情况较为严重，可能会被要求停驶整改，拆除违法改装部件，更换合规部件。
取消车辆行驶证
如果车辆的改装情况非常严重或违法情况严重影响行车安全，可能会被要求注销车辆行驶证并予以追缴。
综上所述，非法改装车辆的处罚程序较为严格，涉及多个部门，包括公安交管、交通运输管理、工商行政管理部门等。建议车主严格遵守相关法律法规，避免非法改装行为，以免面临严重的法律后果。