新生羊的疫苗程序如下：
7日龄
注射羊传染性脓疱皮炎灭活苗，口唇粘膜注射，免疫保护期为1年。
15日龄
注射山羊传染性胸膜肺炎灭活苗，皮下注射，免疫保护期为1年。
2月龄
注射山羊痘灭活苗，尾根皮内注射，免疫保护期为1年。
2.5月龄
注射牛O型口蹄疫灭活苗，肌肉注射，免疫保护期为6个月。
3月龄
注射羊梭菌病三联四防灭活苗，皮下或肌肉注射，免疫保护期6个月；
注射气肿疽灭活苗，皮下注射，免疫保护期为7个月。
3.5月龄
注射羊梭菌病三联四防灭活苗Ⅱ号炭疽芽胞菌，第二次皮下或肌肉注射，免疫保护期为6个月；
注射气肿疽灭活苗，第二次皮下注射，免疫保护期为7个月。
4月龄
注射羊链球菌灭活苗，皮下注射，免疫保护期为6个月。
5月龄
注射布鲁氏菌病活苗，肌肉注射或口服，免疫保护期为3年。
7月龄
注射牛O型口蹄疫灭活苗，肌肉注射，免疫保护期为6个月。
此外，新生羊还需进行以下补充接种：
破伤风：在出生后2小时注射破伤风类毒素，预防破伤风。
亚硒酸钠维生素E：在出生后3天注射，预防软骨病。
羔羊痢疾：在母羊分娩前20-30日注射羔羊痢疾菌苗，通过乳汁使羔羊被动免疫。
建议根据当地疫病流行情况和羊群的具体状况，适当调整疫苗种类和接种时间，以确保免疫效果。