苹果对小程序的限制主要出于以下几个原因：
防止用户绕过苹果税
微信和抖音的小程序通过“漏洞”将用户引导至外部支付系统，以此规避苹果公司通常收取的30%的佣金。苹果认为这种做法损害了其收入，因此对这些小程序施加了压力，要求进行根本性调整。
保持应用商店生态平衡
苹果通过限制开发人员在App Store中提交包含小程序的应用程序，以及限制开发人员在应用程序内使用Web技术，来确保应用商店的生态系统不被破坏。这些措施增加了开发成本，从而扼杀了移动应用创新的活力。
规范应用内支付
苹果对应用内支付有严格的规范，要求所有交易必须通过苹果的内部支付系统进行。微信关闭小程序虚拟支付功能可能与苹果修改应用内支付规则有关，这表明苹果在规范应用内支付方面采取了更为严格的措施。
综上所述，苹果限制小程序的主要目的是为了防止用户绕过苹果税，保护其收入，同时维护应用商店的生态平衡和支付规范。