学校处理学生的程序通常包括以下几个步骤：
发现违纪行为
教师、学生或学校管理人员发现违纪行为后，应及时制止并初步调查了解事实。
调查取证
对于较严重的违纪行为，学校应成立调查小组，全面、客观、公正地调查违纪事实，收集相关证据。
听取陈述和申辩
在作出处分决定之前，学校应听取学生或其代理人的陈述和申辩。
决定处分
学校根据调查结果和违纪情节，作出相应的处分决定，如警告、严重警告、记过、留校察看、开除学籍等。
通知和送达
学校应出具处分决定书，送交学生本人，并通知学生家长。开除学籍的处分决定书还需报学校所在地省级教育行政部门备案。
申诉处理
学生对处分决定有异议的，可在接到处分决定书之日起5个工作日内向学校学生申诉处理委员会提出书面申诉。申诉处理委员会应在15个工作日内作出复查结论并告知申诉人。如需改变原处分决定，由学生申诉处理委员会提交学校重新研究决定。学生对复查决定仍有异议的，可在接到复查决定书之日起15个工作日内向省级教育行政部门提出书面申诉。
执行处分
学生在接到处分决定书后，应按照处分决定的要求离校，开除学籍的学生需按照相关规定办理离校手续。
记录和存档
处分或处理文件应载入学生本人学籍档案，并通知相关部门存档。
这些程序旨在确保学生处分的公正、公开和合法，保障学生的合法权益。