猪舍清洗消毒程序包括以下步骤：
环境净化与消毒
车辆消毒：使用3%~5%的来苏儿液或0.3%~0.5%的过氧乙酸溶液。
道路消毒：经常打扫卫生，每月用火碱溶液消毒1次。
场地消毒：及时消除猪粪、杂草等，凡堆放过的地方用0.5%的过氧乙酸溶液消毒。
工作人员消毒
在猪场门口设置消毒池，人员进入要经过消毒池，然后洗澡换掉衣物，穿洁净已经消毒过的衣物鞋子，原来穿的衣物要进行熏蒸或者浸泡消毒。
从场外购入的物品必须经过规定时间的熏蒸消毒后才能进入场内。
进入生产区前先洗澡、更换防疫服或工作服。
生产区的每栋猪舍门口应设消毒池，池内盛3%~5%来苏儿液或10%~20%的漂白粉溶液供工作人员进入时蘸脚。每栋猪舍门口的洗手盆内装稀释1：600倍的百毒杀-S进行洗手消毒。
猪舍消毒
清理：生猪转走后，对所有料槽检查，如有剩余饲料，先将饲料收集，放在指定容器内，饲喂其它生猪或妥善处理，避免浪费。对栋舍内的工具、档案卡、编织袋等物品进行整理，垃圾全部带到舍外处理，无关物品放在指定位置。
冲洗：使用高压清洗机对整个栋舍进行冲洗，冲洗时按照从上往下的顺序：墙面、料管、料筒、栏体、料槽、地面、走廊。冲洗所有眼观能看到的地方，特别是料槽与地面、墙体与地面、墙角等不容易冲到的地方。
消毒：待冲洗干燥后，使用0.5%的过氧乙酸溶液喷洒，再用熏蒸法或火焰法或火碱法等进行消毒。
带猪消毒
可选用过氧乙酸、次氯酸钠、百毒杀等，一般每周消毒1次。
饮水消毒
用漂白粉按每公斤饮水用3~5毫克或用0.025%的百毒杀溶液消毒，每周1次。
死猪和粪便处理
死于传染病的猪宜远离猪场深埋或焚烧，死于非传染病的猪宜高温处理，猪粪应堆积发酵或入化粪池。
建议定期进行猪舍清洗消毒，确保猪舍环境清洁卫生，防止疫病传播。同时，选择优质的消毒产品，并严格按照消毒程序操作，以达到最佳的消毒效果。