畜禽养殖消毒程序包括以下步骤：
清洁
清除畜禽舍内的粪便、尿液、分泌物、饲料残渣及其他有机物。
对圈舍内的墙壁、地面、笼具、饲喂设备等彻底清扫干净。
冲洗
使用高压水枪冲洗鸡舍的墙壁、地面和屋顶，以及不能移出的设备用具，确保无污垢残留。
干燥
清洗完毕后，待圈舍干燥，以便进行下一步的消毒。
消毒
使用适宜的消毒剂进行喷雾或喷洒消毒。常用的消毒剂包括石灰乳、烧碱溶液、戊二醛、过氧乙酸、新洁尔灭、次氯酸钠等。
消毒药喷洒量为每立方米50-80ml，注意不要直接喷向畜禽。
再次清洗
消毒后，使用清水将圈舍内外冲洗干净，确保无残留消毒剂。
再次干燥
清洗完毕后，再次进行干燥，以便畜禽入住。
通风
消毒后，加强通风，确保圈舍内空气新鲜。
定期消毒
畜禽舍及其周围环境应定期进行消毒，频率根据季节和疫病高发情况而定，一般每周1-2次，疫病高发季节可增加至每周3次。
特殊消毒
对疑似传染病畜禽要进行隔离治疗和饲养，防止疫病传播。
对死亡畜禽进行无害化处理，严禁屠宰贩卖或随意丢弃。
人员消毒
工作人员进入生产区前需经过洗澡、更衣、紫外线消毒等程序，并遵守场内防疫制度。
生产区入口应设置消毒池，工作人员进入时需进行消毒。
环境消毒
畜禽舍周围环境应每2-3周用2%火碱消毒或撒生石灰一次。
场周围及场内污水池、排粪坑、下水道出口等每月用漂白粉消毒一次。
通过以上步骤，可以有效杀灭畜禽舍内的病原微生物，减少疫病的发生和传播，保障畜禽健康。