种鸭场的消毒程序主要包括以下几个步骤：
空棚期消毒
清棚，出粪：将棚内的污物清理出棚，保证消毒剂效果的完全发挥。
冲洗：用清水冲洗1-2遍，再用消毒水进行最后一次彻底冲洗，确保消毒水完全浸泡消毒。
晾棚：晾棚时间不低于7日，重大疫情后建议晾棚时间不低于15日，要求棚舍全面开放，地面铺面墙体充分暴露通风凉透。
熏蒸消毒
在上苗前2-3天进行熏蒸消毒，使用二氯异氰尿酸钠或三氯异氰尿酸钠，也可以用福尔马林高锰酸钾。
熏蒸时要求棚舍密封12小时以上，温度20℃以上，湿度60%以上，以达到较好的消毒效果。
喷雾消毒
在进雏前，点起炉子后进行全面的喷雾消毒。
每周进行2-3次带鸭消毒，使用2%-3%的NaOH溶液或其他消毒药物对鸭舍地面、运动场、鸭舍四周环境等进行喷雾消毒。
空舍消毒
清除鸭舍垫料，清理、清洗工用具，并对工用具进行消毒备用。
对鸭舍地面、墙壁、屋顶等进行清扫，对运动场、鸭饮水槽、隔离区进行冲洗。
空置2-3天，视鸭舍及运动场的干燥程度决定，然后进行喷雾消毒。
育雏舍消毒
育雏舍在使用前至少空置一周以上，进行彻底打扫、清洗、晾干后，用1:500季胺盐类或氯制剂类药物进行喷雾消毒。
在进雏前3天进行氧化熏蒸消毒。
其他消毒措施
定期对鸭舍及周围环境进行物理性的清扫冲洗，先扫后洗，先顶棚后墙壁再地面，逐步进行。
使用不同成分的消毒药物进行交替使用，以避免耐药性的产生。
通过以上消毒程序，可以有效控制传染病的发生和传播，确保种鸭健康生长和生产性能稳定。建议严格按照消毒程序操作，并定期检查消毒效果，以确保消毒工作的有效性。