机械清洗的程序通常包括以下步骤：
预处理
使用后的器械应在现场进行简单的冲洗，去除明显的污染物，如血液、组织等，防止污染物干涸后更难清除，同时降低生物负载。
分类清洗
根据器械的材质、形状、精密程度等因素进行分类，因为不同类型的器械对清洗方法和清洗液的要求不同，这样可以避免器械损坏并确保清洗效果。
手工清洗
对于一些不能耐受机器清洗的精密器械、结构复杂的器械或数量较少的器械，可以采用手工清洗的方法。使用合适的洗涤剂和刷子，在流动水下对器械进行刷洗，特别注意各个部位，特别是关节、齿槽等容易藏污纳垢的地方。
机械清洗
适用于批量清洗形状规则、材质耐受的器械，如普通手术器械。将分类好的器械放入清洗消毒机，选择合适的清洗程序。清洗消毒机通过喷淋、超声等方式进行清洗。喷淋清洗是利用高压水流冲洗器械表面；超声清洗是利用超声波在清洗液中产生的空化作用，使微小气泡在器械表面的污染物上破裂，从而将污染物剥离。清洗完成后，机器会自动进行漂洗和干燥过程。
冲洗
将器械、器具和物品置于流动水下冲洗，初步去除污染物。
洗涤
冲洗后，应用酶清洁剂或其他清洁剂浸泡后刷洗、擦洗。多酶浸泡可以帮助快速分解有机物，抑菌防锈。
漂洗
洗涤后，再用流动水冲洗或刷洗，以去除残留的洗涤剂和污染物。
终末漂洗
应用软水、纯化水或蒸馏水进行冲洗，确保器械表面干净无残留。
消毒
用500-1000mg/L的含氯消毒剂或75%酒精浸泡消毒10-30分钟后，彻底冲洗干净。
润滑
将器械完全浸入润滑剂中30秒钟，以减少摩擦和磨损，延长器械使用寿命。
干燥
将器械取出用干燥箱进行干燥处理或用干净的布擦拭。金属类干燥温度为70—90℃，塑胶类干燥温度65—75℃。
检查
清洗完成后，对器械进行检查，确保无残留物和损坏。
包装
干燥后，对器械进行适当的包装，准备灭菌或储存。
灭菌
根据需要，对包装好的器械进行灭菌处理，确保无菌状态。
储存
将灭菌后的器械存放在适当的储存环境中，保持干燥、清洁和无菌。
建议根据具体的器械类型、污染程度和清洗要求，选择合适的清洗方法和步骤，以确保清洗效果和器械的安全使用。