日本企业股东变更程序如下：
股东大会或董事会决议
需要召开股东大会或董事会，通过决议来更改股东。这是公司的较高决策机构，需要就股东变更事项进行充分的讨论和决策。
准备相关文件
根据日本公司法的规定，需要准备一些必要的文件，如日本公司藤本（即日本公司注册证书、相关的法定文件）、签署变更文件并加盖公司印章、新股东的注册证书、股东名册、董事名册、秘书名册、章程等。
进行公证和海牙认证
如果需要办理公证和海牙认证，还需要准备办理公证及日本海牙认证的文书原件或扫描件，如股东变更协议、公司章程等，以及申请人护照扫描件。在日本当地的公证役场进行公证，证明文书的真实性和合法性；然后将公证好的文书提交给日本外务省进行海牙认证。
提交申请
将准备好的文件和申请提交给日本的公司注册机构，如法务局或商业注册所。
审核和批准
提交申请后，相关机构将审核申请材料，如果所有材料都符合要求，将批准股东变更。
更新公司文件和记录
一旦股东变更获得批准，公司需要更新其所有相关的文件和记录，以反映新的股东信息。
建议在办理股东变更时，咨询专业的律师或会计师，以确保所有手续和文件符合日本法律的要求，避免不必要的麻烦和延误。