城市用地变更程序一般包括以下步骤：
取得出让方和城市规划行政主管部门的同意
土地用途的改变将直接引起土地出让最高年限的改变和土地使用权出让金的变化，因此必须取得出让人的同意或批准。
改变土地用途亦应取得城市规划行政主管部门的同意，确保改变后的土地用途符合城市规划的要求。
签订土地使用权出让合同变更协议或重新签订土地使用权出让合同
在取得出让人和城市规划行政主管部门的同意之后，应由出让人和受让人签订土地使用权出让合同变更协议或者重新签订土地使用权出让合同，调整土地使用权出让年限，并相应调整土地使用权出让金。
办理土地变更登记
申请人必须向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行土地所有权、使用权变更登记。
申请时需要填写变更土地登记申请书，说明变更依据和变更内容，并提供相关证明材料，如出让、转让合同及有关批准文件等。
审核与公告
土地使用权变更登记过程中，土地管理部门将对申请材料进行实地调查、审核权属并进行地籍测量，确保变更的准确性和合法性。
审核通过后，将对外进行公告，接受社会监督。
审批与登记
公告期满无异议后，土地管理部门将审批土地变更申请，并完成相关登记手续，颁发新的土地权利证书。
总结：
城市用地变更程序主要包括取得相关行政部门的同意、签订土地使用权出让合同变更协议或重新签订合同、办理土地变更登记、审核与公告以及审批与登记等步骤。整个程序需严格遵循相关法律法规，确保土地用途变更的合法性和有效性。