秘密公文制作的程序通常包括以下几个步骤：
拟制
标明密级和保密期限：拟稿人需准确标明公文的密级和保密期限，这是做好公文保密工作的前提。依据《国家秘密及其密级具体范围的规定》和《国家秘密保密期限的规定》，采取"对号入座"的方法确定密级和保密期限。
起草：拟稿人根据行文目的、主题、文种等，安排结构，撰写正文，并拟写提纲。
核稿：拟稿完成后，需交本部门主管领导核稿批准，再报本机关、单位的业务主管领导审核批准签发。工作量较大的机关单位可由业务主管领导授权或指定负责人办理批准签发前的审核工作。
审核与签发
审核：由秘书部门负责人或机关领导人对拟好的文稿进行审查、核对、修改，为签发做好准备。
签发：由机关领导人签写发文具体意见，对文稿的内容和行政效力负责。
印制与分发
印制：在印制前，有关主管领导和秘书部门负责人需做好审查工作，包括确定发放范围、拟定发布方式、印制格式及编号、规定处理办法等。秘密公文一律由机关内部打字室、印刷厂（所）或经保密部门审查批准的定点复制单位印制。印制中的蜡纸、校样、废页等应及时销毁。
分发：由秘书部门把用印并登记的公文通过适当方式传递给收文单位，确保按照领导批准的发送范围和份数执行。
存档与销毁
立卷：公文在办理完毕后，需进行立卷归档，以备存查。
销毁：对于不再需要保存的秘密公文，需按照相关规定进行销毁，确保信息安全。
保密管理
全程保密：从文件的运转过程来看，秘密文件从起草到正式发出，直至最后存档或销毁，中间经过许多环节，必须切实抓好各个环节的保密管理，确保秘密文件的安全。
建议：
涉密公文的制作需要严格遵守保密规定，确保不泄露国家机密。
每个环节都要有专人负责，确保文件的合法性和合规性。
在传递和存储过程中，需要使用专门的通信设备和渠道，确保信息的安全。