开除农村党员的程序主要包括以下几个步骤：
支部大会讨论
对要求退党的党员，经支部大会讨论后宣布除名，并报县级或县级以上党的纪律检查委员会审查批准。
对于没有正当理由，连续六个月不参加党的组织生活，或不交纳党费，或不做党所分配的工作的党员，支部大会应决定将其除名，并报上级党组织批准。
投票表决
支部召开党员大会，根据党员违纪情况，投票表决形成决议，报上级纪委。县级和县级以上各级党的委员会和纪律检查委员会也有权直接决定给党员以纪律处分。
上级纪委审查
处分决定需要报县级或县级以上党的纪律检查委员会审查批准。在特殊情况下，这些委员会可以直接作出开除党籍处理。
通知与申辩
支部党员大会讨论对党员的处分时，应通知受处分的党员出席会议，并允许本人申辩，也允许别人替他辩护。
材料上报与备案
支部大会通过处分决定后，应将处分决定和所依据的事实材料同本人见面，并让他在处分决定上签署意见，然后上报。
上级党组织批准对党员的处分决定后，必须经集体讨论决定，并正式下达批复。处分决定下达后，下级党组织应当在适当范围内宣布，并通知犯错误的党员。
特殊情况处理
对党的中央委员会和地方各级委员会的委员、候补委员，给以开除党籍的处分，必须经由本人所在的委员会全体会议2/3以上的多数决定。在特殊情况下，可以先由中央政治局和地方各级委员会常务委员会作出处理决定，待召开委员会全体会议时予以追认。
总结：
开除农村党员的程序包括支部大会讨论、投票表决、上级纪委审查、通知与申辩、材料上报与备案以及特殊情况处理。这些步骤旨在确保处分过程的公正、透明和合规性。