农村建猪圈的程序包括以下几个步骤：
选址与土地流转
选择合适的地点，确保不在基本农田、禁养区等禁止建设规模养殖场的区域内。
向当地村委会提出申请，并报备乡镇主管部门同意后，办理土地流转手续。
环境影响评价
委托有资质的第三方机构进行环境影响评价。
评价合格后，向环保部门申请环评批文。
建设规划手续
向规划部门申请建设规划许可证，确保养猪场的规划建设符合相关法律法规及社会公众的期望。
用地规划手续
向国土部门进行用地规划，确定用地的范围和用途，并办理《土地规划许可证》。
办理营业执照
兴办小型养猪场需到当地工商局办理工商登记预核手续（场名预核），然后办理企业或个体工商户《营业执照》。
动物防疫条件合格证
到当地畜牧部门办理养猪项目备案手续。
申请办理《动物防疫条件合格证》，并提供相关证明材料，如场所地理位置图、功能区布局平面图、设施设备、管理制度等。
其他相关手续
根据具体情况，可能还需要办理其他相关手续，如取水证、环保设施验收等。
建议在建猪圈前，详细咨询当地相关部门，了解具体流程和所需材料，确保顺利办理相关手续。