征收基本农田的程序包括以下步骤：
申请
征收基本农田的申请必须提交给国务院进行审批。国务院在收到申请后，会依法进行审批，并决定是否批准征收。
审批
只有国务院有权批准征收基本农田，其他任何单位都无权进行此类征收。在征收过程中，必须依法先行办理农用地转用审批手续。
如果农用地转用得到了国务院的批准，那么可以同时办理征地审批手续，而无需另行办理征地审批。如果农用地转用是由省、自治区、直辖市人民政府在征地批准权限内批准的，同样可以同时办理征地审批手续，但如果超过征地批准权限，就需要按照第一款的规定另行办理征地审批。
公告
如果批准征收，国务院会发布相关的征收公告，明确征收的范围、目的、补偿标准等关键信息。
被征收人在接到征收公告后，有权了解征收的详细情况，并有权依法提出异议。
现状调查及确认
当地国土资源部门应对拟征土地的权属、地类、面积以及地上附着物权属、种类、数量等现状进行调查，并填写《征地调查结果确认表》。
征询意见及组织征地听证
在征地依法报批前，当地国土资源部门应告知被征地农村集体经济组织和农户，对拟征土地的补偿标准、安置途径有申请听证的权利。如果被征收人对适用的补偿标准、安置途径不满意，可以在规定的时间内书面提起听证。
制定征地补偿安置方案
市、县国土资源行政主管部门根据征地情况调查结果和市县人民政府拟定的征地补偿标准、安置方案，以及建设项目的相关材料，依法拟定农用地转用方案、补充耕地方案、征收土地方案和供地方案，编制建设用地呈报说明书（简称一书四方案）。
签订协议
县级以上地方人民政府应当组织有关部门测算并落实有关费用，保证足额到位，与拟征收土地的所有权人、使用权人就补偿、安置等签订协议。
执行征收
相关前期工作完成后，县级以上地方人民政府方可申请征收土地，并组织实施征收。
监督与维权
如果征收过程中存在违法行为或不当行为，被征收人可以通过法律途径进行维权。
这些步骤确保了征收基本农田的合法性和透明度，保护了被征收人的合法权益。