工程内部审计程序通常包括以下步骤：
确定审计目标和范围
根据审计需求和客户要求，明确审计的目标和范围。
确定审计的时间期限、审计范围及审计目标等。
审计计划的制定
根据审计目标和范围，制定详细的审计计划。
包括审计人员的分配、审计时间表、审计程序等。
审计准备工作
进行审计前的准备工作，包括收集相关资料、了解审计对象的背景和历史、了解审计对象的内部控制系统等。
审计程序的执行
根据审计计划和程序，对审计对象进行审计程序的执行。
包括进行实地调查、进行文件分析、进行内部控制评价、进行风险评估等。
审计结果的分析和总结
对审计程序的执行结果进行分析和总结，确定审计发现和问题。
并提出相应的建议和意见。
编写审计报告
根据审计结果，编写审计报告。
包括对审计对象的评价、审计发现和问题、建议和意见等。
审计报告的审批和发布
对审计报告进行审批和发布。
包括对审计报告的内容、形式和语言进行审查和修改，并确定审计报告的发布方式和时间。
后续跟踪和回访
对审计结果进行后续跟踪，确保审计发现的问题得到改进。
进行审计回访，了解审计决定和审计建议的执行情况。
这些步骤共同构成了工程内部审计的完整流程，旨在确保审计工作的有效性、公正性和透明度，从而提高工程项目的管理和控制水平。