如果您的祖坟被挖，您可以采取以下程序来维护自己的合法权益：
向公安机关报案
挖掘祖坟可能构成盗窃罪或侮辱尸体罪等刑事犯罪，受害者可以向公安机关报案，由公安机关依法进行调查处理。
收集证据
在报警的同时，您应当尽量收集相关证据，如照片、视频、证人证言等，以便在后续的法律程序中证明自己的权益受到侵害。
寻求民事赔偿
除了刑事责任外，您还可以通过民事诉讼途径要求侵权人承担民事赔偿责任，包括精神损害赔偿。
咨询律师
在整个过程中，您可以寻求专业律师的帮助，律师可以为您提供专业的法律建议和代理服务，帮助您准备起诉材料并提高胜诉的可能性。
向法院提起诉讼
如果协商无果，您可以向侵权发生地的基层人民法院提起诉讼，要求侵权人承担相应的民事赔偿责任和精神损害赔偿责任。
注意时效
故意挖坟构成犯罪的追诉时效是五年，因此建议您尽早采取行动，以免错过追诉时效。
通过以上程序，您可以依法维护自己的合法权益，追究侵权人的法律责任，并获得相应的赔偿。