代建工程的付款程序一般包括以下几个步骤：
施工单位提交申请
施工单位每月25日前提交《工程款支付申请表》，并提供完整的工程清单资料送监理审核，同时报送工程费付款审核表。如施工单位25日之后申请付款，造成延期付款责任由申请单位自负。
监理审核
监理在接到上述申请资料后二天内完成审核工作，对已完成形象进度进行审核，提交《工程款支付证书》，报送工程部审核。
工程部审核
工程部收到上述资料后，工程部经理应在一天内完成审核工作，并在《工程款支付审批单》提出审核意见签字，附加当月25日可以完整说明工程形象的照片，然后提交总工程师审核。
总工程师审核
总工程师收到上述资料后，一天内完成审核工作，然后提交工程咨询单位审核，此审核工作为五天。工程咨询单位审核完成后，提交《工程款支付审核书》及审核资料至总工程师。总工程师审核《工程款支付审核书》及审核资料，并在《工程款支付审批单》上提出审核意见签字，以电子邮件方式提交董事会成员《关于xx·富贵苑xxxx-xx进度付款情况报告》、《工程款支付审批单》，此审核工作为一天。董事会一天内完成审核工作，相关领导在《工程款支付审批单》上明确意见并签字，此过程为内部流转程序。
财务部门付款
上述审核完毕后，由总工程师将《工程款支付审批单》提交财务主管，由财务主管通知施工单位本次付款核定金额。施工单位必须在每月10日前将完税发票交财务，财务收到发票后在三个工作日内付款。
税务处理
一般工程建设过程中，建设方无需缴纳营业税，需要按照工程合同金额缴纳印花税，待该工程项目出售后需要缴纳营业税，土地增值税，如果自用需要按照房产原值缴纳房产税。建设方在审定工程款支付后，需要按照相关税法规定缴纳相应税费，并开具建筑业统一发票。
建议：
施工单位应严格按照上述流程提交申请和相关资料，以确保付款过程顺畅。
各审核部门应提高工作效率，确保审核工作及时完成，避免影响工程进度。
财务部门应严格审核发票和付款金额，确保资金安全。