农村房屋征收的合法程序包括以下步骤：
项目征收立项与前期调查
进行项目征收立项，并做好项目前期调查摸底。
拟定征收补偿方案
房屋征收部门拟定征收补偿方案并报县区政府。
调查登记与公布
对拟征收房屋进行调查登记并公布调查情况。
有关部门对未经登记的建筑进行调查、认定和处理。
公众参与与意见征求
政府部门组织补偿方案论证并公布征求公众意见，征求意见期限不得少于30日（旧城改造项目组织被征收人和公众代表听证会）。
县区政府公布征求意见情况、听证会情况和根据公众意见、听证会情况修改情况，并对征收补偿方案重新修订公布，同时做好社会稳定风险评估。
房屋征收决定
县区政府作出房屋征收决定，涉及被征收人数量较多的，经县区政府常务会议讨论决定。
公布房屋征收决定，做好房屋征收决定宣传解释工作。
评估机构选择与补偿协议签订
由被征收人选择征收评估机构。
房屋征收部门与被征收人签订补偿协议，在规定期限内达不成协议的，由房屋征收部门报请作出征收决定的人民政府作出补偿决定，并依法送达被征收人并在房屋征收范围内公告。
行政与司法程序
被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
对于在法定期限内不执行补偿决定也不申请行政复议或不提起行政诉讼的，有房屋征收决定的人民政府依法申请人民法院强制执行。
其他相关程序
发布拟征地公告，告知村民征地范围、面积、用途、补偿方式、标准、安置途径等。
征求村民意见、组织征地听证。
拟定“一书四方案”征地文件，并上报、审批。
张贴“二公告”，即征收土地公告和征收土地的补偿、安置方案公告。
办理补偿登记手续。
支付补偿安置费用。
交付土地，在搬迁期内完成搬迁。
这些步骤旨在确保农村房屋征收过程的合法性、公正性和透明度，保护被征收人的合法权益。