检察院撤案的程序主要包括以下几个步骤：
决定撤案
检察院在确认需要撤回起诉时，应在撤回起诉后的30天内作出不起诉决定。
如果需要重新调查的，检察院需要书面向公安部门说明理由。
公告撤案决定
检察院作出撤销案件的决定后，应进行公告，通知被告人及公众。
通知被告人
撤销案件的决定应通知被告人，并告知其有关赔偿事宜。
赔偿被告人
如果被告人在撤案过程中符合赔偿条件，可以申请国家赔偿。
案件结案
撤销案件后，检察院应进行结案处理。
内部审查与批准
对于自侦案件，检察院在决定撤销案件前，需报请上一级人民检察院审查批准。
上一级人民检察院对口部门应对案件进行全面审查，并提出是否同意撤销案件的意见，最终由检察长决定。
告知相关方
检察院决定撤销案件后，应告知控告人、举报人，并听取其意见。
制作法律文书
检察院决定撤回起诉时，应制作《人民检察院撤回起诉决定书》，并送达人民法院。
撤回起诉后，检察院应在七日内作出不起诉决定，或者书面说明理由将案卷退回侦查机关处理，并提出重新侦查或撤销案件的建议。
释放被逮捕的犯罪嫌疑人
如果犯罪嫌疑人已被逮捕，应立即释放，并发给释放证明书，同时通知原批准逮捕的人民检察院。
监督案件进展
案件撤诉后，如果认为不存在犯罪事实，应由侦查机关撤销案件，检察机关应书面说明理由，并在将案件材料退回到公安机关的同时建议撤销案件。
以上步骤确保了检察院撤案的合法性和规范性，保障了当事人的合法权益。