小学机构设置程序一般包括以下几个步骤：
校级管理决策机构设置
建立党支部、校务委员会、教职工大会为校级管理决策机构。
行政管理层设置
设置校长、副校长，实施校长负责制。
设置教导处、总务处、少先队大队部等中层管理机构。
内部组织管理机构设置
根据需要设置办公室、党建办公室、教科室、德育处、安全保卫部、后勤保障部、教学管理部等内设机构。
职责划分
校长室负责全面贯彻执行党和国家的教育方针、政策、法规，制订并组织实施学校的发展规划、学年和学期工作计划，主持学校行政例会和教师大会。
教导处负责教学管理工作。
总务处负责学校的后勤管理工作。
少先队大队部负责学生的少先队活动。
办公室负责协调学校的日常事务，督办上级教育行政部门下发的有关文件通知。
党建办公室负责学校的党建工作。
教科室负责教育研究和教学管理工作。
德育处负责学生的德育工作。
安全保卫部负责学校的安全管理工作。
后勤保障部负责学校的后勤保障工作。
申请审批
向当地教育局提交申办报告，包括举办者信息、培养目标、办学规模、办学层次、办学形式、办学条件、内部管理体制、经费筹措与管理使用等，并提供相关证明材料。
经过教育局审核批准后，颁发办学许可证。
工商注册和税务登记
向当地工商行政管理部门申请法人登记，提供验资证明、经营场所状况等材料。
办理税务登记，并支付相应的注册资金。
其他手续
根据实际情况，可能还需要办理消防安全证书、劳动和社会保障局的审批（尤其是技能培训学校），以及教师资格证等。
教学环境和设施
确保教学环境和设施符合安全和卫生标准。
宣传和招生
通过发传单、小广告、人际关系等方式进行宣传。
确保教学质量，以稳定生源。
收费
根据市场调研和成本分析，制定合理的收费标准。
以上是小学机构设置的一般程序，具体实施过程中可能会有所不同，建议根据当地政策和实际情况进行调整。