工程电子档案程序主要包括以下几个方面：
档案收集与整理
全面收集工程建设过程中形成的各种形式的信息记录，包括文字、图表、声像等。
对收集到的档案资料进行整理，包括去除重复、无用的资料，按照规定的格式和标准进行编排，确保档案资料的完整性和系统性。
档案鉴定与分类
组织专家对档案资料进行鉴定，确定其真实性、准确性和价值，为后续的分类和保管提供依据。
电子文件归档
电子文件由内容、结构、背景组成，形成或办理部门、档案部门可在归档过程中基于业务系统、电子档案管理系统完成电子文件及其元数据的清点、检测、登记等主要归档程序。
清点应核实电子文件的门类、形成年度、保管期限、件数及其元数据数量等。
归档环节检测内容包括真实性检测，即检测归档电子文件中的固化信息是否有效来确认电子文件来源的真实性。
档案存储
将归档完成的档案存储在专门的档案库或档案室中，确保档案的安全性和易查性。
这些程序共同构成了工程电子档案管理的系统化、标准化流程，确保档案的完整性、准确性、安全性和易查性。