留置查案后的程序主要包括 调查与处置和 移送检察机关两个方面。具体程序如下：
调查与处置
监察机关会继续进行调查工作，对留置对象的涉嫌违法犯罪行为全面深入审查，收集、固定证据等。
根据调查结果作出处置决定。如果被调查人确实存在违法犯罪行为，可能会依据法律作出政务处分决定；涉嫌职务犯罪的，移送检察机关依法审查、提起公诉。
移送检察机关
监察机关认为被留置人员的犯罪事实已经查清，证据确实、充分的，制作起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送人民检察院依法审查起诉。
检察机关会对监察机关移送的案件进行审查，判断证据是否确实充分、是否符合起诉条件等。如果符合条件则向法院提起公诉；如果不符合，可能退回监察机关补充调查或者作出不起诉决定。
在留置期间，监察机关要全面收集证据、查明事实、形成完整的证据链条。如果遇到新的证据线索或者证据存在争议需要补充侦查等情况，都会影响结案的进程。此外，不同部门之间的衔接协调也会对从留置到最终结案的时长产生影响。
建议：在留置期间，被调查人的合法权益应得到保障，包括饮食、休息和安全等方面。同时，律师可以在案件移送检察机关后正式介入，为被调查人提供法律辩护。