犯罪嫌疑人自首后，将依照以下程序进行：
公安机关侦查阶段
公安机关在接到自首材料后，会迅速进行审查，判断是否有犯罪事实并需要追究刑事责任。
对犯罪嫌疑人进行询问，并制作询问笔录。
侦查人员需要依法收集证据，并在必要时采取刑事强制措施，如拘留、逮捕等。
侦查结束后，公安机关写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。
人民检察院审查起诉阶段
人民检察院收到公安机关移送的案件材料后，将对起诉意见书、案卷材料和证据进行审查，决定是否提起公诉。
人民检察院在审查过程中，可以讯问犯罪嫌疑人，并制作讯问笔录。
人民检察院认为犯罪事实清楚，证据确凿充分，依法应当追究刑事责任的，将向人民法院提起公诉，并出具起诉书。
人民法院审理阶段
人民法院接到人民检察院的起诉书后，将依法进行审理。
人民法院审理案件时，将依照法定程序进行，包括开庭审理、质证、辩论、评议和判决等。
判决宣告时公开进行，但是否当庭宣判则视法庭审理情况及结果而定。
整个自首和司法程序旨在确保犯罪嫌疑人的合法权益，同时维护司法公正和权威。犯罪嫌疑人自首后，应积极配合司法机关的调查和审理，如实供述自己的罪行，以争取宽大处理。