撤销合作社的程序主要包括以下几个步骤：
召开社员代表大会
在接到撤销合作社的通知后，董事会应在1个月内召开社员代表大会，研究宣布解散合作社或对合作社进行改组。
成立清算委员会
由社员代表大会成立清算委员会，任何单位和个人未经清算委员会批准，不得处置合作社财产。
准备注销材料
向登记机关提交依法作出解散、注销的决议或者决定，或者被行政机关吊销营业执照、责令关闭、撤销的文件。
提交清算报告、负责清理债权债务的文件或者清理债务完结的证明。
提供税务部门出具的清税证明。
递交申请书等材料。
公告
在省级以上报纸刊登公告，通知合作社成员和债权人，并告知解散和注销的相关事宜。
清算工作
合作社应当根据合作社章程和国家相关法律法规的规定，依法依规进行合作社财产的清点和评估。
清点和评估完合作社所有财产后，确定合作社的负债。
合作社清算小组按照资产负债情况进行资产处置，确保清算工作的合法、公平和公开。
登记机关审核
登记机关对提交的材料进行审核，审核通过后，予以注销。
领取注销证明
合作社清算工作完成后，清算小组向所在地村委会或乡镇政府报告，领取《合作社注册登记证》的注销证明。
村委会或乡镇政府对合作社申请进行审批，如审核通过，颁发《合作社注销通知书》，宣告合作社正式解散和注销登记。
办理其他相关手续
注销银行账户，将合作社账户中的资金进行妥善处理。
注销合作社的公章等相关印章。
以上步骤和流程需严格按照相关法律法规和相关部门的要求进行，确保注销过程的合法合规。建议在办理注销手续时，咨询当地工商行政管理部门或专业律师，以确保顺利完成注销。