南安农村翻建房屋的审批流程主要包括以下几个步骤：
申请阶段
村民向村委会提交书面用地申请，并提供相关证明材料，如土地权属证明、身份证明等。
村委会进行初步审查，并在每个季度集中申请材料，依法召开村委会或村民代表大会进行审议，并张榜公布，在张榜公布之日起15个工作日内本村村民未提出异议或者异议不成立的，上报给乡镇国土资源所初审。
现场勘查与审核阶段
乡（镇）人民政府组织国土资源所进行现场勘查和群众调查，审查建房用地和建设申请条件，并制作勘查笔录和审查意见书。
国土资源所初审合格后发放《农村村民住宅用地与建设申请表》。
村委会对申请人提交的《农村村民住宅用地与建设申请表》进行审查并签署意见，证明申请人的原住宅用地情况和家庭成员现居住情况，由负责人签字，同时加盖村民委员会公章，报乡（镇）人民政府审核。
乡（镇）人民政府在收到村委会上报的住宅建设用地申请材料后完成审核并现场确定规划用地范围，并报县国土资源局初审。
审批阶段
县国土资源局对符合审批条件的上报县人民政府。
县人民政府批准用地的，由县国土资源局颁发《建设用地批准书》。
使用原有宅基地、村内空闲地和其他土地的，由乡级人民政府根据村庄、集镇规划和土地利用的规划批准。
放样与建设阶段
由国土资源所牵头协同乡镇政府人员根据《建设用地批准书》和《村镇建设工程规划许可证》到实地放样，划定范围，填写《放样记录卡》，放样参加人应当在《放样记录卡》上签字。
放样后，用地申请人方能动工建设。
验收与发证阶段
房屋建成并经相关部门验收合格后，申请人需办理《集体土地使用证》和《房屋所有权证》等证件。
建议在申请翻建房屋时，详细阅读并了解南安市人民政府办公室发布的相关文件，确保所有材料和手续符合要求，以加快审批流程。