用途变更程序流程如下：
申请
国有土地使用权人应向县级以上国土管理部门提出改变土地用途的申请，并告知申请人办理改变土地用途应提交的有关资料。
审查受理
县级以上国土管理部门对提交的资料进行审查，对符合申请条件的予以受理。
地籍部门办理
地籍测量：对该宗土地进行地籍测量，绘制宗地图，并按规定缴纳地籍测量费。
组卷上报：收集齐全所有相关资料后，对该宗土地进行组卷，由主管局长审查，并经局会审会同意后，上报同级政府审批。
通知发件：地籍管理部门在领取土地使用权批准文件后，通知申请人领取批件手续。
办理土地变更登记：申请改变土地用途的单位或个人在领取批件后，在规定的时间内办理土地变更登记手续。
收费标准
对出让土地按该地评估价格扣除原出让价格补交出让金。
土地用途变更时限
自土地批准变更之日起30日内完成。
额外要求
工业用地变更为住宅用地的，原土地使用者必须向建设规划部门提出申请并获得同意，再经市政府批准，并由土地使用者委托有资质的评估公司对原工业用地进行土地投入资产评估，再由国土资源部门委托有资质的评估公司进行对土地的现值评估。
法律依据
《中华人民共和国土地管理法实施条例》第六条。
《城市房地产管理法》第17条。
《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第18条。
以上流程需严格按照相关法规和政策执行，确保土地用途变更的合法性和规范性。