结算审计的实施程序主要包括以下几个阶段：
筹备阶段
确定审计对象：明确需要审计的单位或部门，如企业、机关、社会团体等。
编制审计计划及程序：制定详细的审计计划，包括审计目标、手段、时间等，并明确审计程序，如确定审计方式、收集审核资料、检查账户及凭证、核对数据、抽查样本等步骤。
制定相关工作指导书：明确工作流程及任务分工，包括审计人员职责、工作时间、考勤要求、数据要求等。
实施阶段
材料收集：搜集与结算相关的全部记录，包括收支流水、合同、发票、银行对账单等资料，并进行初步审查。
现场审核：对采用现金或电子支付等方式支出的款项进行定点、定人、定期的检查，核实财务记录和凭证的准确性，并与企业人员沟通，建立不同层次的交流机制。
数据比对：将所有收支记录装入同时运行的系统中，与公司财务记录进行比对，确认每笔款项的准确性。
抽样审计：根据统计学的原理，将一部分样本数据进行审计，检查结算行为是否符合企业规章制度和国家法律法规的要求。
清单抽查：通过清单抽查结算行为中特殊性的高风险事项和高金额事项，确保企业采取正确的财务处理办法。
汇报阶段
审计报告：根据审计结果，编制审计报告，对审计过程和结果进行说明和评价。
此外，对于建筑工程结算审计，还包括以下步骤：
工程管理部门组织验收，备齐送审资料。
工程管理部门对施工单位编制的工程结算资料进行初审，退回施工单位修改重做或由工程管理部门修改纠正。
工程项目主管部门报送项目结算资料，检查结算资料的完整性和审批手续的完备性。
审计人员熟悉工程图纸和结算资料，会同项目主管部门和施工单位察看工程现场，了解当时施工的有关情况。
依据竣工图和变更签证，核定隐蔽工程数量和外露工程数量，依据材料价格签证，参照当期造价信息，核定工程主要材料价格。
依据合同规定的计价方式，确定工程初审造价，初步审核结果与施工单位见面，出具初步审核结果定案表。
施工单位、项目主管部门、审计处会签，报项目主管校领导和主管审计校领导审批。
按规定编制报送财政厅评审中心审查呈报表，呈报表报主管审计工作的校领导审批。
评审中心出具最终审查结果报告，审计处分发审查结果报告。
这些步骤和程序确保了结算审计的全面性和准确性，有助于发现和处理结算过程中的问题，保障企业和相关单位的利益。