工程审计的程序主要包括以下几个方面：
资料收集与审前调查
接收并登记被审计单位送达的审计资料，如施工图、竣工图、合同文件、变更记录等。
对施工单位的资料进行详细登记，包括项目名称、送达时间、联系人及电话、送审金额、初审情况等。
由审计组长对项目情况进行审前调查，填写项目信息表，并做好审前调查报告或记录。
审计准备
主审根据项目情况制定详细的审计方案，明确审计范围、重点、方法和时间安排。
主审负责草拟审计通知书，并附上承诺书、提供资料清单、审计公示、廉洁反馈单等，由分管领导签发。
审计实施
对组织审计的项目，由工程主审负责对审计程序、质量、进度等进行跟踪检查。
外聘人员在与施工单位核对前应将初审情况告知工程主审，由工程主审与施工单位联系并在审计局指定地点进行核对，工程量的复核工程部、审计部、主审与施工单位四方进行现场测量的，应将测量结果形成书面勘察记录。
对审计异议问题，科室负责人召集审计组商议，并请分管领导一并参加，形成一致意见的均应形成业务会议纪要；与建设、施工等相关单位沟通协调的，应形成协调会议纪要。
工程核定单经登记后，由审核人签字，建设、施工单位签字盖章（一式五份）后，送审计局，复核、批准、盖章后生效。建设、施工单位各执壹份，主审留档两份，其余交科室专人留存。
一般项目在接到报审之日起30天内完成，大型项目或有特殊情况的可适当延长审计期限，但应将延长理由告知被审计单位。
外聘人员负责编写工程审核情况报告、审计日记、审计工作底稿。
工程复核负责对工程审计工作底稿进行复核。
审计报告编制与提交
审计完成后，汇总审计结果，编写审计报告初稿。
将审计报告初稿送达被审计单位征求意见，根据反馈意见进行修改完善。
经审核无误后，正式提交审计报告给相关领导和部门。
审计回访与跟踪
在项目完成后，进行审计回访，了解项目实施过程中存在的问题，并提出改进建议。
对审计发现的问题进行跟踪，确保问题得到妥善解决。
这些程序旨在确保工程审计的顺利进行，保障审计质量，并有效控制审计风险。