办理竣工决算程序是指建设项目在竣工验收阶段，根据国家有关规定，由建设单位编制的财务文件，用以确定建设项目从筹建到竣工验收实际发生的全部建设费用的过程。这个过程包括以下几个主要步骤：
收集资料：
在验收合格后，收集所有相关的成本资料，包括合同、变更签证单、技术变更单、设计变更资料等。
核算工程量：
将全部的工程量及新增加工程量计算出来，这是编制工程结算报告的基础。
编制工程结算报告：
根据收集到的资料和核算的工程量，编制工程结算报告，这是竣工决算的核心内容。
成本分析：
进行成本分析，以准确核算总成本和收益，为项目收尾提供财务依据。
形成正式决算文件：
将工程结算报告和其他相关资料整理形成正式的决算文件，并上报审批。
审计：
竣工决算审计是指对建设项目办理竣工结算工作的审查，包括审查项目竣工决算报告的编制情况，审计人员应重点了解决算编制的责任单位，其编制依据是否符合国家有关规定，资料是否齐全，手续是否齐全，项目遗留问题的处理是否合规等。
验收和固定资产交付：
建设项目按照批准的设计文件所规定的内容建设完毕，并具备了投产和使用条件的，根据国家规定，建设单位必须及时办理竣工决算，组织验收和固定资产交付使用的转账手续，或兑现合同规定的报偿和利益。
资料归档：
最后，将所有的竣工决算资料进行整理归档，以便于后续的管理和查询。
建议在整个过程中，建设单位应与监理工程师和施工单位保持密切协作，确保所有数据的准确性和完整性，并且严格按照国家相关法规和标准执行，以保证竣工决算的顺利进行和合法性。