商业用地盖房的程序如下：
申请与审批
申请人需先向当地村委会提交商业用地建房申请，说明申请事由、用地面积和土地类型、家庭状况等，并由村、社签字确认。
提供本人的户口簿复印件、身份证复印件、规划内的《建设用地规划许可证》、规划外的《村、镇规划选址意见书》、原《集体土地建设用地使用证》等相关文件。
如果申请人无宅基地或分家无房产，应提供相关说明，并由村主任、驻村干部签字确认。
规划与许可
申请获得《建设工程规划许可证》或《乡村建设规划许可证》，这是建房的重要前提。
规划部门会对建房地点进行测量和定位，确保符合规划要求。
土地手续
办理土地使用证，需要提交土地登记申请、个人信息、权属证明文件、建设用地批准书及缴纳税费等。
提交以上资料后，国土资源所会进行地籍权属调查，并在符合规定的情况下办理土地使用证。
施工与验收
在获得所有必要的规划和土地手续后，可以进行施工。
施工完成后，需要经过质监站验收、消防验收等程序，最终办理房产证。
其他相关手续
如果在公路旁建房，需要路政部门的明确意见。
涉及河道的，要有水利部门的明确意见。
地灾踏勘现场意见也是必须的。
特别注意事项
商业用地建房是违法的，不能擅自改变土地用途，必须向相关行政部门申请批准。
违章建筑是不被允许的，一旦发现，可能会面临行政处罚。
以上程序仅供参考，具体操作过程中可能会因地区和具体情况有所不同，建议咨询当地相关部门获取详细指导。