法院审计的程序一般包括以下步骤：
审计计划制定
审计机关根据国家形势和审计工作实际，对一定时期的审计工作目标任务、内容重点、保证措施等进行事前安排，作出审计项目计划。
审计准备
根据审计项目计划确定的审计事项组成审计组，并在实施审计三日前向被审计单位送达审计通知书。遇有特殊情况，经本级人民政府批准，审计机关可以直接持审计通知书实施审计。
上级审计机关对统一组织的审计项目应当编制审计工作方案，每个审计组实施审计前应当进行审前调查，编制具体的审计实施方案。
审计实施
审计人员通过审查会计凭证、会计账簿、财务会计报告，查阅与审计事项有关的文件、资料，检查现金、实物、有价证券，向有关单位和个人调查等方式进行审计，取得证明材料，并按规定编写审计日记，编制审计工作底稿。
审计报告与决定
审计组对审计事项实施审计后，应当向审计机关提出审计组的审计报告。审计组的审计报告报送审计机关前，应当征求被审计对象的意见。
审计机关对审计组的审计报告进行审议，提出审计机关的审计报告；对违反国家规定的财政收支、财务收支行为，依法应当给予处理、处罚的，在法定职权范围内作出审计决定或者向有关主管机关提出处理、处罚的意见。
被审计单位的回应与复审
被审计单位在收到初级审计决定后，必须在规定的期限内向法院提出书面意见及有关证据。
审计法院相关法庭的高级法官及报告员就被审单位提出的意见和证明材料重新审查讨论，集体做出最终审计决定，并把其决定的概要及对一些问题的修正建议通知被审单位及上级主管部门。
被审单位及会计人员可在收到最终审计结论后，向法院提供新的证明材料并提复审，也可在3个月内向最高行政法院提出上诉。
执行阶段
法院在收到案件当事人提出的强制执行请求后，会首先审查执行依据的法律文书是否合法有效。接着，法院会了解案情并明确执行事项，询问当事人以获取更多信息。随后，法院会做好强制执行的准备，如填写强制执行证等。最后，法院将实施强制执行措施，如查封、变卖财产，扣压、划拨银行存款等，直至案款全部执行完毕。
这些程序确保了审计工作的合法性、规范性和透明性，旨在维护法律的公正和权威。