税务审计程序通常包括以下步骤：
准备工作
税务部门会在审计前与企业联系，确定审计时间、地点、审计范围和审计目标等事项。
企业需要按照要求准备审计所需的相关材料，如企业简介、财务制度、财务报表、纳税申报表等。
审计项目分析与评价
利用分析性复核方法，对各税种的审计项目进行趋势、比率和比较分析，找出可能存在问题的领域，为确认重点审计项目提供依据。
向纳税人发放会计制度和内部控制问卷调查表，评估其有效性、完整性和准确性，为确定重点审计项目提供依据。
确定审计项目
通过资料收集、整理和分析，制定审计项目，明确审计覆盖范围和重点。
编制审计计划
根据确定的审计项目，制定详细的审计程序，明确人员分工和时间预算。
发送审计通知书，提前至少三天通知纳税人审计内容、时间、地点、所需资料和配合事项等。
现场实施阶段
对纳税人的税务状况和税务报表进行具体审查，记录发现的问题。
现场搜集、调阅纳税人有关营业执照、合同、规章、租赁合同等，填写企业基本状况表。
搜集调阅企业纳税申报表，了解企业以前年度的审计状况、财务报表、账本、凭证等，复印企业以往年度税收审计报告，为本次审计提供借鉴。
汇总整理
根据审计中发现的问题，按税种汇总，整理审计工作底稿，形成初步审计意见。
回单位整理草稿，进一步与企业充分交流，完结草稿作业，做好草稿有关盖章材料检查作业。
交换审计意见
与被审计纳税人单位交换审计意见，最终出具税务审计报告。
出具审计报告
在与被审计企业充分沟通后，确定审计意见，最终出具税务审计报告。
后续工作
根据税务审计结果，企业可以进行相应的整改工作，并在规定时间内向税务机关报告整改情况。
以上步骤构成了税务审计的基本流程，确保审计过程的客观性、公正性和准确性。