水利三检程序包括 初检、复检和终检三个步骤，具体流程如下：
初检
自检：施工操作人员及施工班组在施工过程中边施工边检查，自我控制的质量检查。
互检：同工种的操作人员或班组之间互相交流、互相督促的质量检查。
交接检：相互衔接的工序之间，后道工序接受前道工序移交时的质量复检，前道工序必须达到质量标准方可移交后道工序。初检是保证施工质量的基础，通过初检可以及时发现质量问题和质量缺陷，并将其消灭在施工过程之中。
复检
复检是在初检的基础上，由现场施工员对初检所形成的相关记录进行复核。
复检的主要内容包括：检查初检项目是否齐全，检验数据是否准确，检查结果与施工记录是否相符等，并负责做好复检验收工作。复检验收合格后，负责复检资料的整理与上报（专职质检员或技术负责人），并为终检工作做好现场准备。
终检
终检是对初检和复检结果进行最终审核，由现场专职质检员或技术负责人对初检和复检所形成的相关记录进行复核。
终检的主要内容包括：检查经过复检后的检验结果是否符合设计及规程规范要求，资料是否齐全、正确，是否与施工情况一致，并负责终检验收工作。终检验收合格后，负责终检资料的整理与上报现场监理工程师，并为最终质量检查工作做好现场准备。
总结：
水利三检程序通过自检、互检和终检三个步骤，确保水利工程的质量得到有效控制。初检注重施工过程中的自我检查和班组间的互相督促，复检对初检记录进行复核，终检则是对整个施工过程的最终审核，确保工程质量符合设计要求和施工规范。