军事工程组织程序一般包括以下三个阶段：
施工前期准备
组建指挥机构：负责工程建设项目的全面组织领导，协调各单位之间关系，做好保障工作，并对建设项目的投资、工期和质量负责。
制订施工总体计划：包括工程建设施工方案的选定、施工力量部署及任务区分，各项保障措施（如工程建设用水、用电、安全保密等）的落实。
筹组施工力量：根据工程规模、建设时限和技术状况，筹组和部署施工力量，施工力量的投入要与工程总体计划相适应，可一次投入，也可根据需要逐次投入。
征地移民工作：在工程建设指挥机构统一领导下，与当地政府一起，组织专门班子具体实施。
筹措施工机具、设备、器材：根据工程要求提出总体需求计划，并按照施工进度拟订分阶段供应计划。
施工组织实施
编制施工计划：包括拟订施工组织设计，进行施工现场平面布局和拟制施工力量、材料、机具使用计划等内容。
组织实施分项工程的施工作业：按照施工计划进行分项工程的施工作业。
施工管理及综合调试：对施工过程进行管理和综合调试，确保工程质量和进度。
竣工验收
完成所有施工任务后，进行工程竣工验收，检查工程是否符合设计要求和质量标准。
验收合格后，办理工程移交手续，正式投入使用。
这些程序确保了军事工程从设计到施工再到验收的整个过程有序进行，以实现工程建设的目标。