绩效审计的主要程序包括以下四个阶段：
制定审计项目计划阶段
由审计机关自主确定审计项目，或由上级审计机关授权项目，以及政府、人大等部门的指令项目。
对审计项目进行初步评估，确定审计目标、审计范围、审计重点等。
审计准备阶段
进行审前调查，了解被审计单位的基本情况、业务流程、内部控制等。
编制审计实施方案，明确审计方法、审计程序、审计时间等。
制发审计通知书，告知被审计单位审计时间、审计范围、审计要求等。
审计实施阶段
收集审计证据，包括财务报表、会计凭证、账簿、业务合同、会议纪要等相关资料。
分析评估审计证据，对经济性、效率性、效果性进行量化分析和评价。
找出需要改进的地方，初步形成审计建议，并与被审计单位进行沟通确认。
审计终结阶段
在审计证据分析评价的基础上，形成审计结论。
按照准则的要求编写绩效审计报告，详细阐述审计发现、问题、建议和改进措施。
将审计报告提交给被审计单位、审计机关及相关决策部门，作为决策的依据。
这些程序确保了绩效审计的全面性、系统性和有效性，有助于提高被审计单位的管理水平和绩效。