公司起诉公司的程序主要包括以下几个步骤：
起诉状的提交
公司需要向有管辖权的人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
法院立案审查
人民法院在收到起诉状后，会进行审查，决定是否受理。如果符合立案条件，法院会立案，并通知当事人预交诉讼费。
送达起诉状副本
立案后，法院会在五日内将起诉状副本发送给被告，被告在收到后十五日内需要提交答辩状。
举证和质证
原告需要在规定的时间内提交证据材料，法院在立案后也会发出举证通知书，指定举证期限。双方当事人需要对提交的证据进行质证。
开庭审理
法院会排期开庭，并提前通知当事人开庭时间、地点和承办人。公开审理的案件会提前公告。开庭时，会进行法庭调查、法庭辩论、法庭调解等程序。
判决
法院通过审理后，会作出判决。如果双方当事人对一审判决不服，可以在规定时间内向上级人民法院提出上诉。
执行
如果一方不履行判决，另一方可以向法院申请强制执行。
建议在整个诉讼过程中，公司可以聘请律师代理，以更好地维护自己的合法权益。同时，确保所有证据和材料的真实性和完整性，以支持公司的诉讼请求。