工程考古程序通常包括以下几个步骤：
告知项目单位
考古机构在调查或勘探中发现重要地下文物时，应在7个工作日内函告项目单位，以便项目单位了解相关情况并采取相应措施。
考古发掘前期配合
项目单位在考古机构的指导下，调派机械开展发掘区域内的地面建筑、地表以上建渣、堆土以及地表以下混凝土砖基础、建筑垃圾、管线、管网等清理工作，并提供水电及考古发掘临时性设施。
考古发掘
具备考古发掘入场条件后，考古机构应在5个工作日内组织业务人员开展考古发掘工作。发掘工作需严格按照文物保护法律法规、《田野考古工作规程》以及施工安全管理的有关规定进行，确保文物安全，且发掘工作只能依靠人工进行，不能采用机械作业。考古发掘时间根据具体发掘工作而定，可能因土地清表、文物分布范围广、发现重要文物等因素导致发掘周期较长。
确定考古发掘面积
考古机构与项目单位现场共同核定考古发掘面积，并签订确认书，以确保发掘工作的准确性和合法性。
签订考古发掘协议
考古机构与项目单位签订《考古发掘协议》，明确考古发掘费用及支付方式，确保双方权益得到保障。
考古调查勘探
考古调查勘探是考古发掘的前期工作，由具有国家文物局批准的考古发掘资质或省文物局批准的考古勘探资质单位实施。调查勘探工作包括申请、条件明确、实施以及报告的编制和审批等环节。勘探结果将直接影响考古发掘的范围和方法。
目标选定与勘探探测
确定考古发掘的区域、目标遗址和考古研究的目的和问题，使用地质勘探、地形测绘等手段对要考古的区域进行研究和定位。
现场勘探和测试
在选定的目标遗址进行现场勘探和测试，了解遗址的地物和遗址的状态，为后续的发掘工作提供依据。
报告撰写
对考古活动和调查的结果进行系统、详细的记录和撰写报告，以便后续研究人员进行使用。
靶向发掘
根据勘探和测试的结果，对考古遗址进行有目的性的发掘和挖掘，以了解遗址的历史、文化和社会特征等问题。
文物分析与鉴定
对发掘出的文物进行鉴定和分析，研究其历史、文化、纹饰等方面的信息。
考古成果的保存与展示
对于考古工作的成果和发现，应采取有针对性的保存和展示措施，例如创建博物馆、文化遗产保护和管理等，促进考古研究成果的进一步应用和推广。
文物保护与修复
在挖掘过程中，对发现的文物进行保护和修复工作，以确保其保存和展示的价值。
记录与研究
挖掘结束后，对挖掘过程进行详细的记录和整理，并进行相关的研究工作，包括编制挖掘报告、分类整理文物、进行文物的科学分析和研究等。
这些步骤共同构成了工程考古的完整程序，旨在确保考古发掘工作的科学性、规范性和有效性，同时最大限度地保护文物，促进文化遗产的传承和利用。