工程审计的程序主要包括以下几个步骤：
确定审计目标和范围
根据审计需求和客户要求，明确审计的时间期限、范围及目标。
审计计划的制定
依据审计目标和范围，制定详细的审计计划，包括审计人员分配、时间表及程序。
审计准备工作
收集相关资料，了解审计对象的背景和历史，掌握内部控制系统。
审计程序的执行
按照审计计划和程序，进行实地调查、文件分析、内部控制评价及风险评估。
审计结果的分析和总结
对执行结果进行分析，确定审计发现和存在的问题，并提出建议和意见。
编写审计报告
根据审计结果，编写包含评价、发现、问题及建议的审计报告。
审计报告的审批和发布
对审计报告进行审批和发布，确保内容、形式和语言的准确无误。
此外，工程审计的具体操作步骤还包括：
填写审计资料交接清单并进行登记
接收施工单位送达的资料，并填写清单及信息表。
进行审前调查
由审计组长进行项目情况调查，填写项目信息表，并编写审前调查报告。
制定审计方案
主审制定审计方案，包括审计内容、重点及工作计划安排。
草拟并签发审计通知书
主审负责草拟审计通知书，并由分管领导签发。
跟踪检查审计程序、质量和进度
对审计程序、质量和进度进行跟踪检查，确保审计工作按计划进行。
核对工程项目
对工程项目进行核对，确保工程量、清单价格及各项取费的准确性。
登记工程核定单
工程核定单经登记后，由审核人签字，并送审计局复核、批准、盖章后生效。
编写工程结算审核情况报告
外聘人员负责编写工程审核情况报告、审计日记及工作底稿。
复核工程审计工作底稿
工程复核负责对工作底稿进行复核，确保审计质量。
审计结案
完成所有审计工作后，进行审计结案。
这些步骤和程序共同构成了工程审计的完整流程，确保审计工作的顺利进行和审计结果的准确性。