特种车辆的报废程序如下：
提交申请
机动车所有人向机动车回收企业交售已达到国家强制报废标准的机动车，并填写申请表，提交机动车登记证书、号牌和行驶证。
机动车所有人向车管所提出报废申请，携带报废车辆行车证、本人身份证到金属回收总公司办理汽车回收证明。
车辆检验
机动车检验岗核对车辆识别代码（车架车身号码）、发动机号码，并检验有无被凿改嫌疑。
将拓印片与原始车辆识别代号（车架车身号）、发动机号码进行对比，检测机动车的安全技术性能，并审核该车的安全技术性能。
审核与注销
车管所业务领导岗审核，符合规定者，在其申请表原件上签注意见，在《机动车行驶证》副页记录栏按照延缓报废专用章格式，用计算机打印准予延缓报废的使用期限和检验周期。
机动车回收企业应当在机动车解体后七日内将申请表、机动车登记证书、号牌、行驶证和《报废机动车回收证明》副本提交车辆管理所，申请注销登记。
车管所应当自受理之日起一日内，出具注销证明。
领取报废证明
办理报废手续后，车主可以领取《车辆报废清单》。
车辆处理
报废汽车单位或个人应将报废车交到指定回收公司进行登记、验收入库，所交车辆零部件必须齐全，同时填写机动车注销申请表。
相关手续
办理报废时，需要提交驾驶执照复印件、机动车所有人身份证复印件、所需组织机构代码复印件（机动车所有人为单位的，需提供证明加盖公章和代理人身份证复印件）。
在车辆报废前，需要处理车辆的交通违法行为。
总结：
特种车辆的报废程序包括提交申请、车辆检验、审核与注销、领取报废证明、车辆处理以及相关手续的办理。整个流程需要遵循相关法律法规，确保报废过程的合法性和规范性。