小程序配送需要办理的手续主要包括以下几个方面：
合法合规的经营资质
营业执照：商家需依法在当地工商行政管理部门注册登记，取得合法有效的营业执照，其经营范围应涵盖餐饮服务相关内容。
食品经营许可证：根据经营业态和规模的不同，分为多种类型。对于单纯的餐饮外卖服务，一般需申请热食类食品制售许可。申请过程中，商家需具备符合卫生标准的食品加工场所，包括合理的功能分区、相应的食品加工设备以及完善的食品安全管理制度。
餐饮服务人员健康证：所有直接从事餐饮服务的工作人员都必须持有有效的健康证，证明其身体健康状况无传染性疾病。
卫生许可证：虽然在一些地方食品经营许可证已涵盖部分卫生许可的职能，但仍有一些地方可能要求商家单独办理卫生许可证，主要侧重于对餐饮经营场所的环境卫生、卫生设施设备等方面的审核。
稳定的供应链和配送体系
商家需要拥有稳定的供应链和高效的配送体系，以确保食材的新鲜度和品质，同时满足订单按时送达的需求。
配送服务的接入和配置
同城配送：微信小程序只需完成接入和门店配置，即可开通同城配送业务。微信平台支持顺丰、达达、闪送等运力公司，商家需满足配送需求并建立运力关系。
第三方配送平台对接：商家需要与选定的配送服务提供商的API进行集成，以便在用户下单后将订单信息传递给他们，并获取配送状态和配送员信息。
订单管理
商家需要在后台服务器中设置订单管理系统，以便跟踪订单状态、分配配送员、更新订单状态等。
微信支付和类目选择
小程序中接入的微信支付必须是配送商家自己营业执照主体资质注册的账号，以确保用户交易的安全性。
根据小程序的类目要求，商家需要确保所选类目与经营范围相符，例如，涉及蔬菜配送的小程序需要符合相应的类目介绍。
合作协议
商家在选择和多个配送平台合作时，需要签订合作协议，确保双方权益。
其他可能需要的证件
如果商家计划长期合作并投入大量资金，除了营业执照以外，还可能需要一个电信增值业务许可证。
综上所述，小程序配送的手续涉及多个方面，包括经营资质、供应链和配送体系、配送服务接入、订单管理、微信支付和类目选择、合作协议以及其他可能需要的证件。商家需要仔细准备和遵守相关规定，以确保合法合规经营并提升用户体验。