木马自启动程序是指 随Windows一起启动的各种程序和系统服务。这些程序在计算机开机时自动加载，因此一些病毒和木马也会利用这种方式来危害系统。木马自启动的方式有多种，包括：
通过“开始\程序\启动”文件夹：
这是最常见的自启动方式之一，很多正常的程序也使用这种方式。但因其可见性较高，较少有木马采用。
通过注册表：
木马程序可以修改系统的启动项或注册表，使其在计算机开机时自动启动。注册表中的启动项包括以下两个主要位置：
`HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run`
`HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run`
更高级的木马还会尝试注册为系统的“服务”程序。
通过System.ini文件：
在早期的Windows版本中，System.ini文件也是木马自启动的一个途径。
通过特定程序启动：
有些木马可能会伪装成正常的程序，在用户执行感染文件时激活其自启动功能。
通过系统服务：
高级木马还可以注册为系统服务，这样即使在用户未登录的情况下，木马程序也能自动运行。
为了防范木马的自启动，用户可以定期检查并修改系统的启动项和注册表，使用安全软件扫描系统，以及避免执行来自不可信来源的程序。