农民告政府的程序主要包括以下几个步骤：
收集证据
在提起诉讼之前，农民需要收集详尽确凿的证据，包括相关文件、证人证言和实物证据等，以证实政府确实实施了侵犯其权益的行为。
确定管辖法院
根据《行政诉讼法》，农民可以选择在最初作出行政行为的行政机关所在地人民法院起诉，或者在复议机关所在地人民法院起诉。如果对限制人身自由的行政强制措施不服，还可以在被告所在地或者原告所在地人民法院起诉。
提交起诉状
农民需要向具有管辖权的人民法院提交书面的起诉状，起诉状中应明确阐述诉讼请求的缘由、具体的事实经过以及所期望达到的诉讼结果等内容。
法院受理
法院在接到起诉状后，会对案件进行审查，如果符合立案条件，则予以受理，并安排庭审，双方进行举证、质证和辩论。
庭审和判决
法院将根据事实和法律作出判决，农民可以依据判决结果维护自身合法权益。
行政复议
如果对行政复议结果不满，农民可以在规定期限内向人民法院提起行政诉讼，通过司法途径解决纠纷，要求政府承担相应的法律责任。
法律援助
农民可以寻求法律援助，许多政府部门都有法律援助中心，且援助中心不收费。
信访
农民还可以通过信访渠道向国家信访局反映情况，国家信访局负责处理国内群众和境外人士的来信来访事项。
建议
咨询律师：在提起诉讼之前，建议咨询专业律师，以获得更专业的法律指导和帮助。
准备充分：确保收集的证据充分、确凿，以便在庭审中能够有效证明自己的主张。
了解法律程序：熟悉《行政诉讼法》等相关法律法规，了解起诉的具体程序和注意事项。
通过以上步骤，农民可以依法维护自己的合法权益。