公司应诉仲裁程序主要包括以下几个步骤：
收到仲裁裁决书
在仲裁程序结束后，劳动者或其代理人会收到仲裁裁决书。如果用人单位对仲裁裁决不服，可以在规定的时间内向法院提起诉讼。
准备相关材料
用人单位需要准备相关材料，包括起诉状、证据清单、证明文件等。起诉状是必须提供的材料，其他材料可以根据具体情况酌情提供。
提交起诉状和相关材料
用人单位需要按照规定时间向法院提交起诉状和相关材料。法院会在收到起诉状后进行立案登记，并通知双方当事人参加庭审。
参加庭审
法院受理案件后，双方当事人需要按照规定时间参加庭审。庭审主要分为举证、质证和辩论三个环节。在举证环节中，双方当事人需要出示证据并进行说明；在质证环节中，另一方当事人会对证据进行质疑；在辩论环节中，双方当事人可以就案件事实和法律适用进行辩论。
等待判决结果
庭审结束后，法院会根据双方当事人提供的证据和法律规定进行判决。
此外，还有一些额外的建议：
明确代理人：
公司可以安排内部的法务人员代理，或者委托外部的律师来代理出庭。
遵守仲裁庭的程序规定：
在庭审过程中，公司需要遵守仲裁庭的程序规定，对自己的证据进行全面的举证和质证，针对对方不合理的诉求和证据进行反驳。
收集证据：
公司应主动收集证据，如劳动合同、员工手册、考勤记录、工资发放记录等相关文件，以证明公司在劳动纠纷中的行为是符合法律法规以及公司制度的。
熟悉相关法律法规条款：
公司应熟悉相关的法律法规条款，最好复印一份，便于在仲裁庭陈述及在辩论程序中方便使用。
计算赔偿数额：
如果仲裁请求中包含薪水、赔偿、福利事项，公司应先计算好应赔偿的数额和计算的依据。
自书陈述材料或提纲：
公司应自书一份陈述材料或提纲，防止庭上有所遗漏。
请代理人：
对于复杂的案件，建议公司请一位代理人。
通过以上步骤和建议，公司可以更好地应对劳动仲裁，维护自身的合法权益。