境外投资办理程序主要包括以下几个步骤：
境内投资者申请境外投资
投资者需通过区县商务局提出申请，提交申请表及相关资料，如境内外投资者介绍、股权结构、注册地区县商务主管部门的意见、境外企业章程等。
前期筹备
在正式启动境外投资项目之前，企业需要进行充分的准备工作，包括项目的可行性研究、合作伙伴的筛选、资金配置规划等，确保项目具备实施的基础条件。
发改委立项与备案
企业首先需要向发改委申请项目备案，提交项目相关信息，包括企业基本情况、项目情况、项目利用资源情况分析、对生态环境的影响分析以及对经济和社会的影响分析等。发改委对提交的材料进行审核，如符合条件，将予以备案，并出具备案通知书。
商务部门核准与备案
在发改委备案通过后，企业需向商务部门提交相关资料进行备案或核准。流程包括提交投资主体信息、境外企业信息、投资项目信息等，并填写《境外投资备案表》及相关附件。商务部门会对提交的材料进行审核，如符合要求，将予以备案，并颁发《企业境外投资证书》。
外汇管理局备案
企业在获得发改委和商务部门的核准或备案后，需向外汇管理局办理境外直接投资外汇登记。流程包括提交相关外汇登记材料，办理外汇登记，并遵守外汇管理规定。
签署交易前期文件
为防止目标项目及有关交易的相关信息被泄露，境内企业与合作方和中介服务机构需要签署保密协议，并就前期商定的内容和后续工作节点签署投资意向书、谅解备忘录、条款清单等前期交易文件。
与境外投资监管机关进行事先沟通
境内企业应及时与有关监管部门进行沟通，了解投资项目是否符合国家的监管政策，以便后续顺利通过核准或备案，并了解具体流程和资料要求。
开展尽职调查
尽职调查是境内企业境外投资必不可少的重要环节，包括法律、财务、税务、技术、商业、人力资源等方面的尽职调查，以评估和防范目标项目风险。
组建境外投资项目团队
境内企业在组建团队时，一般会包括技术、财务与市场人员、法律顾问、人力资源顾问等，以确保项目风险得到有效控制。
办理其他相关手续
根据项目具体情况，可能还需要办理其他相关手续，如税务登记、海关备案等。
以上步骤仅供参考，具体流程和所需材料可能因国家和地区而异，建议在具体操作前详细咨询当地商务部门或专业律师。