公司合并的程序主要包括以下几个步骤：
董事会拟定合并方案
公司董事会负责拟定公司合并方案，该方案需对公司合并的原因、目的、合并后各股东的权益、合并后公司章程和财产及债务承继等问题作出安排。
股东会决议
合并方案需要提交给股东会进行表决。根据《公司法》，合并决议必须由股东会通过。对于有限责任公司，需要经代表三分之二以上表决权的股东通过；对于股份有限公司，必须经出席会议的股东所持表决权三分之二以上决议通过；对于国有独资公司，必须由国有资产监督管理机构决定或审核后报本级人民政府批准。
签订合并协议
合并各方（即合并公司和被合并公司）需签订合并协议。合并协议应包括参与合并各公司的基本情况、合并后存续公司或新设公司的名称、性质、住所、合并各方的资产状况及其处置方法、合并各方债权债务的处理、新设公司或存续公司股份总数、种类及各股份数额或股份增加数额、股份的转换方式、新设公司或存续公司的股东、公司章程的拟定或修改、不同意参与合并的股东的退股和收购，以及合并以后新公司或存续公司的组织机构产生办法等事项。
编制资产负债表及财产清单
合并各方需要分别编制资产负债表和财产清单，以确保合并过程中的财务透明度和准确性。必要时，还需进行评估，由评估机构就合并时点（可约定）的公司价值进行评估并出具评估报告，作为合并依据。
通知债权人并公告
公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上或者国家企业信用信息公示系统公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。如果公司不能应债权人的要求清偿债务或者提供担保，则合并不能继续进行。
公司注销登记、变更登记或新设登记
合并必然有公司需要进行解散，但是因合并而发生的解散不必进行清算。存续公司（接纳方）应到原登记机关办理公司变更登记，被吸收公司（加入方）则需办理公司注销登记。新成立的公司应当到登记机关办理设立登记手续。
债权债务处理
在合并过程中，需要妥善处理债权债务问题。这包括债权人的保护、债务的承接以及可能的债务重组。确保合并过程中的财务透明度和准确性，防止国有资产流失。
税务处理
合并过程中涉及的税务问题也需要妥善处理，以确保符合相关税法规定。
文化整合与管理重组
除了财务和法律层面的整合外，企业还需要进行文化整合和管理重组，以确保合并后的公司能够高效运作并实现协同效应。
这些步骤构成了公司合并的完整程序，确保了合并过程的合法性、透明性和公平性。