综合工时审批程序主要包括以下几个步骤：
提交申请
用人单位需向当地劳动行政部门提交综合工时制的申请，包括企业生产经营特点、申请实行综合工时制的岗位说明、工时计算周期、综合计算工时的实施方案等材料。
初步审核
直接主管审核员工提交的工时申请表，确认工时和加班情况是否属实，并在申请表上签字确认。
部门负责人审核员工的工时申请表，确认员工的工作情况和加班情况是否符合公司规定，并签字确认。
人力资源部门审批
人力资源部收到员工提交的工时申请表后，核实员工的工时与加班情况是否符合公司政策和法律法规，并进行综合审核，确认员工的工时是否合法有效，最后签字确认。
劳动行政部门审批
劳动行政部门在接到申请材料后，应当在十个工作日内作出是否许可实行特殊工时制度的决定。如需延期，可延长十个工作日。
劳动行政部门对申请材料进行审查，必要时可以到申请单位进行实地核查，听取员工代表意见，综合评估分析后作出批复。
颁发批准证书
审批通过后，劳动行政部门会颁发综合工时制批准证书，并通知相关部门和单位，企业可以按照批准的综合工时制进行劳动安排。
记录与归档
人力资源部将审核通过的申请表归档并进行记录，用于下次绩效评定和薪酬发放。
将员工的工时录入公司的打卡系统中。
建议在申请综合工时制时，确保所有材料的真实性和完整性，并与当地劳动行政部门保持良好沟通，以便顺利完成审批流程。