在计算机上可以直接运行的程序是 机器语言程序。机器语言程序是由二进制代码直接编写的，这些代码与计算机的硬件结构紧密相关，因此计算机可以直接识别和执行。
尽管高级语言程序（如Java、C语言等）和汇编语言程序也可以通过相应的编译器或解释器转换为机器语言程序后运行，但它们本身并不直接由计算机执行。高级语言程序需要先被编译成目标程序或字节码，而汇编语言程序需要被汇编成机器语言程序。因此，在选项中，机器语言程序是唯一直接由计算机执行的程序。