工程审计的程序主要包括以下几个环节：
确定审计目标和范围
明确审计的时间段、项目和范围等。
收集资料和信息
收集与工程项目相关的资料和信息，如合同、施工图纸、工程报告、进度报告、财务报表等。
确认审计对象
确认工程项目的所有权人、承包商、监理单位等。
进行现场检查
到工程项目现场进行检查，包括检查工程进度、质量、安全等方面。
进行数据分析
对收集到的资料和信息进行数据分析，比较实际进度和计划进度的差异、实际成本和预算成本的差异等。
进行风险评估
评估工程项目的风险，包括合同履行风险、财务风险、安全风险等。
提出审计发现和建议
根据审计结果提出审计发现和建议，包括发现的问题、原因和解决方案等。
编写审计报告
将审计结果编写成审计报告，包括审计发现、建议和结论等。
此外，工程审计的流程还可以包括以下步骤：
填写审计资料交接清单并进行登记
接收施工单位送达的资料，填写审计资料交接清单并进行登记。
进行审前调查
由审计组长将项目情况进行审前调查，填写项目信息表，并做好审前调查报告或记录。
制定审计方案
主审制定审计方案，草拟审计通知书并签发。
对审计程序、质量、进度进行跟踪检查
核对工程项目，登记工程核定单，留档留存。
复核工程审计工作底稿
复核工程审计工作底稿，编写工程结算审核情况报告。
编写财务审计工作底稿
编写财务审计工作底稿，完成审计结案。
出具审计报告
向审计机关提出审计报告，征求被审计单位的意见，并根据反馈修改审计报告。
这些程序共同构成了工程审计的完整流程，确保了审计工作的全面性和准确性。建议在实际审计工作中，严格按照这些程序进行操作，以确保审计结果的有效性和可靠性。