公司查账的程序主要包括以下几个步骤：
确定审计目标：
明确查账的目的和范围，以便有针对性地进行审计工作。
了解内部控制制度并予描述：
审计人员需要了解公司的内部控制制度，并在审计报告中对其进行描述。
内部控制制度初步评价：
对公司的内部控制制度进行初步评价，确定其有效性和可靠性。
符合性测试：
通过测试公司内部控制制度的执行情况，评估其是否符合相关法规和公司政策。
实质性测试：
对公司的财务报表和相关财务数据进行详细的测试和核实，确保其真实性、准确性和完整性。
撰写审计报告：
审计人员根据审计结果撰写审计报告，详细反映公司的财务状况和审计发现。
收集相关资料：
在开始查账之前，需要收集公司的相关证件、内部文件、财务报表、会计凭证、银行对账单等财务资料和业务资料。
委托专业机构：
为确保查账的准确性和专业性，建议委托具有资质的会计师事务所或审计机构进行查账。
审查公司资产：
审查公司资产清单，确认资产是否存在、权属清晰、价值合理，并对固定资产、存货、应收账款等进行盘点和核实。
审查公司负债：
审查公司负债清单，确认负债是否存在、权属清晰、价值合理，并对银行贷款、应付账款、预收账款等进行核对和核实。
审查公司所有者权益：
审查公司所有者权益变动表，确认所有者权益变动的原因和金额，并对实收资本、资本公积、盈余公积等进行核对和核实。
审查公司财务报表：
审查资产负债表、利润表、现金流量表等财务报表，确保其真实性、合法性和准确性，并对报表中的重要数据进行分析，找出异常情况。
遵循合法性、真实性、准确性、完整性原则：
在查账过程中，要确保查账结果的准确性和可靠性，遵循相关法律法规和审计准则。
提交书面申请书：
向公司提交查账的书面申请书，并在申请书中详细说明查账的目的、会计账簿的起止日期等。
法院诉讼：
如果公司以查阅公司会计账簿有不正当目的为由拒绝查阅账户，可以向法院起诉申请查账。
注销公司时的查账：
在公司注销过程中，税务局可能会对公司的账本进行审查，以确认公司是否存在漏税或偷税行为。
通过以上步骤，可以确保公司查账的准确性和合法性，有助于维护公司及其投资者和股东的合法权益。