合同变更程序主要包括以下几个步骤：
提出变更建议
一方或双方当事人提出变更合同的书面建议。建议中应包括变更的理由、内容、条款和条件等，并给对方一个答复的期限。
协商与答复
被请求方在接到变更请求后，应在规定期限内给予答复，可以同意或提出不同的意见。逾期不答复的，视为默认同意。
签订变更协议
双方当事人就变更的合同内容和条款进行协商，达成一致意见后，签订书面变更协议。协议应详细说明变更的内容和条款，并规定变更后的条款生效日期。协议需经双方当事人签名或盖章后生效。
办理批准或鉴证手续
如果合同变更涉及法律、行政法规规定的批准或登记事项，当事人应依照规定办理相应的批准或登记手续。未办理批准等手续不影响合同中履行报批等义务条款及相关条款的效力。
备案或签证
对于已经备案或鉴证的合同，变更合同的书面协议需要送交主管部门备案，或到鉴证机构办理鉴证手续。需要鉴证的变更协议，只有在鉴证后才能生效。
缴纳变更规费
提交变更申请时，可能需要缴纳一定的变更规费。具体费用和办理流程可能因地区和具体情况而异。
法院或仲裁机构变更
在某些情况下，如合同成立后出现无法预见的重大变化，继续履行合同对一方明显不公平，受不利影响的当事人可以请求人民法院或仲裁机构变更或解除合同。
综上所述，合同变更程序通常包括提出变更建议、协商与答复、签订变更协议、办理批准或鉴证手续、备案或签证、缴纳变更规费以及可能的法院或仲裁机构变更等步骤。建议在变更合同前，详细审查合同条款和相关法律规定，确保变更过程的合法性和有效性。